Paper2Agent：将科研论文重塑为 AI Agent

📖 概述

Paper2Agent 是一个多智能体（multi-agent）AI 系统，能够以极少的人工干预，自动将科研论文的代码库转化为可交互的 AI Agent。点击此处查看 Paper2Agent 生成的 Agent 演示案例。

🚀 快速开始

基础用法

自动检测并运行科研论文代码库中的所有相关教程。

⚠️ 前置条件：在运行 Paper2Agent 之前，请先完成下方的安装与设置。

⏱️ 运行时间与成本：处理时间根据代码库的复杂度从 30 分钟到 3 小时以上不等。预计成本：对于像 AlphaGenome 这样复杂的代码库，使用 Claude Sonnet 3.5 处理的一次性成本约为 15 美元。

cd Paper2Agent

bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir  \
  --github_url

进阶用法

定向处理教程

仅通过标题或 URL 处理特定的教程：

bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir  \
  --github_url  \
  --tutorials

带有 API Key 的代码库

对于需要身份验证的代码库：

bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir  \
  --github_url  \
  --api

参数说明

必填项：

--project_dir : 要创建的项目目录名称
- 示例：TISSUE_Agent
--github_url : 要分析的 GitHub 仓库 URL
- 示例：https://github.com/sunericd/TISSUE

选填项：

--tutorials : 通过标题或 URL 筛选教程
- 示例："Preprocessing and clustering" 或教程的 URL
--api : 需要身份验证的仓库所需的 API Key
- 示例：your_api_key_here
--benchmark: 运行基准测试提取与评估（默认：禁用）

示例

TISSUE Agent

从 TISSUE 科研论文代码库中创建一个 AI Agent，用于不确定性校准的单细胞空间转录组分析：

bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir TISSUE_Agent \
  --github_url https://github.com/sunericd/TISSUE

Scanpy 预处理与聚类 Agent

从 Scanpy 科研论文代码库中创建一个 AI Agent，用于单细胞分析的预处理与聚类：

# 通过教程标题筛选
bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir Scanpy_Agent \
  --github_url https://github.com/scverse/scanpy \
  --tutorials "Preprocessing and clustering"

# 通过教程 URL 筛选
bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir Scanpy_Agent \
  --github_url https://github.com/scverse/scanpy \
  --tutorials "https://github.com/scverse/scanpy/blob/main/docs/tutorials/basics/clustering.ipynb"

AlphaGenome Agent

从 AlphaGenome 科研论文代码库中创建一个 AI Agent，用于基因组数据解读：

bash Paper2Agent.sh \
  --project_dir AlphaGenome_Agent \
  --github_url https://github.com/google-deepmind/alphagenome \
  --api

⚙️ 安装与设置

前置条件

Python: 版本 3.10 或更高
Claude Code: 请按照 anthropic.com/claude-code 的说明进行安装

安装步骤

克隆 Paper2Agent 仓库

git clone https://github.com/jmiao24/Paper2Agent.git
cd Paper2Agent

安装 Python 依赖
```
pip install fastmcp
```

安装并配置 Claude Code

npm install -g @anthropic-ai/claude-code
claude

🤖 如何创建论文 Agent？

为了简化操作，我们建议通过将 Paper MCP 服务器连接到 AI 编码 Agent（如 Claude Code 或 Google Gemini CLI，后者使用 Google 账号即可免费使用）来创建论文 Agent。我们目前正在积极开发自己的基础 Agent，即将发布。

自动启动

流水线完成后，Claude Code 将自动启动并加载您新建的 MCP 服务器。

通过本地 MCP 服务器手动启动

若需稍后重启您的 Agent：

cd 
fastmcp install claude-code /src/_mcp.py \
--python /-env/bin/python

通过托管在 Hugging Face 上的远程 MCP 服务器手动启动

若要使用特定的 Paper MCP 服务器在 Claude Code 中创建论文 Agent，请使用以下脚本（需指定您的工作目录、MCP 名称和服务器 URL）：

bash launch_remote_mcp.sh \
  --working_dir  \
  --mcp_name  \
  --mcp_url

例如，创建 AlphaGenome Agent，请运行：

bash launch_remote_mcp.sh \
  --working_dir analysis_dir \
  --mcp_name alphagenome \
  --mcp_url https://Paper2Agent-alphagenome-mcp.hf.space

✅ 此时，您的 AlphaGenome Agent 已准备好进行基因组数据解读。您可以输入如下查询：

Analyze heart gene expression data with AlphaGenome MCP to identify the causal gene
for the variant chr11:116837649:T>G, associated with Hypoalphalipoproteinemia.

若要复用该 AlphaGenome Agent，请...