Virtual Lab

Virtual Lab 是一个用于科学研究的人机协作系统。在 Virtual Lab 中，人类研究员与由大语言模型（LLM）智能体（Agents）组成的团队协同工作以进行科学研究。人类研究员与 LLM 智能体之间的交互主要通过以下两种方式进行：团队会议（team meetings），即所有 LLM 智能体共同讨论由人类研究员提出的科学议题；以及个人会议（individual meetings），即人类研究员与单个 LLM 智能体进行交互，以解决特定的科学任务。

有关 Virtual Lab 的更多详细信息及其在 SARS-CoV-2 纳米抗体设计中的应用，请参阅我们的论文：The Virtual Lab of AI agents designs new SARS-CoV-2 nanobodies。

如果您使用了 Virtual Lab，请按如下方式引用我们的工作：

Swanson, K., Wu, W., Bulaong, N.L. et al. The Virtual Lab of AI agents designs new SARS-CoV-2 nanobodies. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-09442-9

用于纳米抗体设计的 Virtual Lab

作为实际应用的演示，我们将 Virtual Lab 应用于设计 SARS-CoV-2 最新变种之一的纳米抗体（详见 nanobody_design）。Virtual Lab 构建了一个由 ESM、AlphaFold-Multimer 和 Rosetta 组成的计算流水线，并利用它设计了 92 种经实验验证有效的纳米抗体。

请查阅 notebook 文件 nanobody_design/run_nanobody_design.ipynb，获取如何使用 Virtual Lab 创建智能体以及运行团队会议和个人会议的示例。

安装

可以通过 pip 安装 Virtual Lab，也可以通过克隆代码仓库并安装所需包的方式进行安装。安装过程仅需几分钟。

可选操作：首先创建一个 conda 环境。

conda create -y -n virtual_lab python=3.14
conda activate virtual_lab

Virtual Lab 可以通过 pip 安装：

pip install virtual-lab

若要本地安装最新版本的 Virtual Lab，请克隆仓库并安装包：

git clone https://github.com/zou-group/virtual_lab.git
cd virtual_lab
pip install -e .

OpenAI API Key

Virtual Lab 目前默认使用 OpenAI 的 GPT-5.2。请将您的 OpenAI API key 保存为环境变量 OPENAI_API_KEY。例如，您可以将 export OPENAI_API_KEY= 添加到您的 .bashrc 或 .bash_profile 文件中。